Combinaison of experimental and bioinformatics approaches to characterize the interactions between Plasmodium falciparum and its human host (2025)

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Combinaison d'approches expérimentales et bioinformatiques pour caractériser les interactions entre Plasmodium falciparum et son hôte humain

Yvon Mbouamboua

2019

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Combination of experimental and bioinformatic approaches to characterize the interactions between Plasmodium falciparum and its human host

Yvon Mbouamboua

2019

J’ai travaillé premièrement sur la caractérisation moléculaire des infections submicroscopiques à Plasmodium falciparum chez les femmes enceintes à Brazzaville. Dans les zones d’endémie palustre, la plupart des femmes enceintes sont susceptibles aux infections asymptomatiques à P. falciparum. Malgré la mise en place du traitement préventif intermittent à base de la sulfadoxine-pyriméthamine (TPI-SP), l’infection placentaire persiste et n’est pas maîtrisée. Dans le but de comprendre les causes de cette persistance, j’ai caractérisé les parasites de P. falciparum chez les femmes enceintes Congolaises sous TPI-SP et j’ai analysé leurs profils génétiques dans le sang périphérique, placentaire et du cordon ombilical. L’évaluation de la fréquence de l’infection plasmodiale a montré qu’il y’a une baisse de la fréquence des infections microscopiques chez les femmes sous TPI et une augmentation de la fréquence des infections submicroscopiques avec une diversité génétique modérée. Ces résulta...

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Caractérisation des parasites du paludisme gestationnel et optimisation du potentiel vaccinal de VAR2CSA

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Sandrine Marquet

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Geneviève Boily-Larouche

2016

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Geneviève Boily-Larouche

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2019

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A Non-Coding Fc Gamma Receptor Cis-Regulatory Variant within the 1q23 Gene Cluster Is Associated with Plasmodium falciparum Infection in Children Residing in Burkina Faso

Pascal Rihet

International Journal of Molecular Sciences

Antibodies play a crucial role in activating protective immunity against malaria by interacting with Fc-gamma receptors (FcγRs). Genetic variations in genes encoding FcγRs can affect immune cell responses to the parasite. In this study, our aim was to investigate whether non-coding variants that regulate FcγR expression could influence the prevalence of Plasmodium falciparum infection. Through bioinformatics approaches, we selected expression quantitative trait loci (eQTL) for FCGR2A, FCGR2B, FCGR2C, FCGR3A, and FCGR3B genes encoding FcγRs (FCGR), in whole blood. We prioritized two regulatory variants, rs2099684 and rs1771575, located in open genomic regions. These variants were identified using RegVar, ImmuNexUT, and transcription factor annotations specific to immune cells. In addition to these, we genotyped the coding variants FCGR2A/rs1801274 and FCGR2B/rs1050501 in 234 individuals from a malaria-endemic area in Burkina Faso. We conducted age and family-based analyses to evaluat...

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Allelic expression mapping across cellular lineages to establish impact of non-coding SNPs

Véronique Adoue

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Most complex disease-associated genetic variants are located in non-coding regions and are therefore thought to be regulatory in nature. Association mapping of differential allelic expression (AE) is a powerful method to identify SNPs with direct cis-regulatory impact (cis-rSNPs). We used AE mapping to identify cis-rSNPs regulating gene expression in 55 and 63 HapMap lymphoblastoid cell lines from a Caucasian and an African population, respectively, 70 fibroblast cell lines, and 188 purified monocyte samples and found 40-60% of these cis-rSNPs to be shared across cell types. We uncover a new class of cis-rSNPs, which disrupt footprint-derived de novo motifs that are predominantly bound by repressive factors and are implicated in disease susceptibility through overlaps with GWAS SNPs. Finally, we provide the proof-of-principle for a new approach for genome-wide functional validation of transcription factor-SNP interactions. By perturbing NFκB action in lymphoblasts, we identified 489...

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Author: Kieth Sipes

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Name: Kieth Sipes

Birthday: 2001-04-14

Address: Suite 492 62479 Champlin Loop, South Catrice, MS 57271

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Job: District Sales Analyst

Hobby: Digital arts, Dance, Ghost hunting, Worldbuilding, Kayaking, Table tennis, 3D printing

Introduction: My name is Kieth Sipes, I am a zany, rich, courageous, powerful, faithful, jolly, excited person who loves writing and wants to share my knowledge and understanding with you.